山东省医学科学院创建于1958年。1962年3月，山东省医学科学院缩编为山东省医学科学研究所。1981年，省政府决定在原山东省医学科学研究所的基础上重新组建山东省医学科学院，为省政府直属的厅局级事业单位。今天的山东省医学科学院，是集医学科研、临床医疗、疾病控制、教育、科技支撑管理与服务等职能于一体的综合性医学科研机构。下属13个专业研究所（院），8所医院。现有在职职工2257人，专业技术人员1999人，其中高级专业技术人员657人。有中国工程院院士1人，山东省“泰山学者”特聘教授（专家）2人，获省部级以上荣誉称号或奖励的优秀科技人员77人，博士生导师11人，硕士生导师159人。25位两院院士和39位外国专家担任顾问、客座教授。有1个省部共建国家重点实验室培育基地、1个国家卫生部重点实验室、2个山东省高水平重点实验室、4个“泰山学者”岗位、5个省级重点实验室、3个省医药卫生重点实验室、7个省医药卫生重点学科、7个联合博士学位授予学科、20个硕士二级学位授予学科、2个本科专业、10个院重点学科、6个院特色专科。拥有国家“化学中毒医疗救治基地”和国家“核辐射医疗救治基地”，是国家人事部批准的“博士后科研工作站”单位，承担5种国家级学术期刊的编辑工作。1981年以来，先后承担科研项目1577项，其中国家级项目90项，省部级项目554项；获得各类科技成果奖励796项，其中国家科技进步奖6项，省部级科技奖项270项。与世界6大洲30多个国家建立了有效的科技合作关系。全院占地1556亩，其中在章丘明水新技术开发区规划征地1000亩，建设院东部新区。截至2008年8月底，全院净资产总额14.8亿元，其中固定资产10亿元，基本建设项目已投入1.2亿元，综合实力位居全国省市医学科研院所前列。